Наиболее часто для эндоскопического татуажа используют суспензии частиц углерода.
Индийские чернила, которыми пользовались в письме в IV веке до нашей эры, применяются при эндоскопической маркировке с 70-х годов XIX века. Они состоят из коллоидальной суспензии частиц углерода в растворе органических и неорганических веществ, использующихся в качестве стабилизирующих растворителей и поверхностно-активных веществ. 
К другим красителям, которые были определены как эндоскопические татуировочные вещества, относятся

• метиленовый синий,
• индигокармин,
• толуидин синий,
• изосульфан синий,
• гематоксилин,
• эозин и
• индоцианин зеленый.

Эти вещества менее надежны в сравнении с индийскими чернилами в плане безопасности, эффективности и простоты в использовании.
Осложнения процедуры крайне редки. Описаны появления микроабсцессов в зоне татуажа, однако их клиническая значимость не ясна, так как эта зона в последующем подвергается хирургической резекции.