Магнитно-резонансную энтерографию относят к экспертным способам диагностики. На сканах, полученных с помощью гидро-МРТ, можно увидеть состояние слизистой оболочки подвздошной, тощей, двенадцатиперстной кишок. Данная особенность является определяющей в выборе между обычной магнитно-резонансной томографией и сканированием с двойным контрастированием. При оценке опухолевого процесса на продвинутой стадии большее внимание уделяют размеру новообразования, степени инвазии в окружающие ткани, поиску отдаленного метастазирования, для чего не нужно проведение гидро-МРТ. Для обнаружения полипа кишечника небольшого размера, язвенного поражения стенок, свищей между петлями, абсцессов, воспалительных изменений важно максимально заполнить орган жидкостью. Введение в вену хелатированного гадолиния обеспечивает лучшую визуализацию патологических очагов, позволяет увидеть кровоснабжающие сосуды, лимфатические узлы, прилегающие ткани.