В большинстве случаев появление свища – следствие гнойного воспаления жировой клетчатки вокруг прямой кишки (хронического парапроктита). По статистике, транссфинктерные свищи обнаруживаются у 40 % пациентов с хроническим парапроктитом. Также свищ может образоваться в результате родовой травмы, гинекологической операции, геморроя, анальной трещины, частичной резекции прямой кишки, её туберкулёзного поражения, сифилиса, хламидиоза.