Благодаря высокой специфичности, цитологическое исследование используется для определения стадии злокачественных новообразований различных органов, при этом исследуются пунктаты лимфатических узлов. Такой диагностический подход широко применяется при обследовании пациентов с раком кожи, молочной железы, а также печени, почек, легких и других внутренних органов. Специфичность анализа приближается к 100  %.

С помощью различных окрасок в жидкостях, полученных при пункции плевральной, перикардиальной, брюшной, суставной полости, а также при спинномозговой пункции, могут быть выявлены признаки инфекционного процесса и воспаления (нейтрофилы, лимфоциты, бактерии), кровоизлияния (эритроциты), а также признаки атипии, малигнизации и других патологических процессов.

Цитология соскобов эрозий и язв играет ведущую роль в дифференциальной диагностике кожных болезней. Исследование проводят при подозрении на истинную пузырчатку, буллезный пемфигоид, простой герпес, афтозный стоматит и некоторые другие заболевания.

Результат цитологического исследования следует оценивать с учетом дополнительных клинических, инструментальных и лабораторных данных.

Цитологический материал ВТОРОЙ  категории сложности, взятый при воспалительных и дистрофических изменениях:

• -мазки из шейки матки ( при кольпитах, эрозиях, простой лейкоплакии)
• -выделения из молочных желез, свищевых ходов
• -исследование мокроты, жидкостей из серозных полостей

А также ФГС, ФКС,  мазки с кожи, слизистой полости рта, молочной, ФБС (бронхоскопия), цитология  кости.